Tháng 12 (âm lịch) năm 1881, nước Tây Ban Nha dâng tặng khánh vàng hạng nhất, đồng thời gửi tặng khánh vàng cho các quan đại thần là Trần Tiễn Thành, Nguyễn Văn Tường, Hoàng Diệu và ông [12].

Năm Tự Đức thứ 35 (Nhâm Ngọ, 1882) [13], Phạm Phú Thứ mất tại quê nhà "giữa những ngày u ám nhất của vận mệnh chế độ phong kiến nhà Nguyễn" [4], thọ 61 tuổi.

Nghe tỉnh thần tâu lên, vua Tự Đức thương tiếc ban dụ, trong đó có đoạn: "Phú Thứ kinh lịch nhiều khó nhọc, đi đông sang Tây, dẫu yếu đuối cũng vâng mệnh không dám từ chối. Về việc trông coi Thương chính ở Hải Dương, khi tới nơi công việc đều có manh mối, sau này nên lấy đó noi theo. Những lưu dân, gian phỉ chứa ác ở Quảng Yên, Thứ tới kinh lý cũng được yên. Rồi mở đồn điền ở Nam Sách, thực là lo xa chu đáo, đó là công cán ngày thường rực rỡ đáng nêu. Gia ơn cho truy phục nguyên hàm Thự Hiệp biện Đại học sĩ và chuẩn cho thực thụ, cũng sắc cho địa phương tới tế một tuần". Theo GS. Trần Văn Giáp, thì sau đó ông còn được ban tên thụy là Văn Ý công [14].

Sinh thời, ông thường giao thiệp với các thi nhân có tiếng lúc bấy giờ như anh em Tùng Thiện Vương, Phan Thanh Giản, Trương Đăng Quế, Bùi Văn Dị, v.v...[14]